История Евпаторийского краеведческого музея начинается с 1 февраля 1921 года, когда штабом 46-й стрелковой дивизии для музея «Искусство старины» было выделено здание, расположенное по Советской улице. С тех пор в доме предпринимателя Юфуды Гелеловича, в одном из оригинальнейших зданий Евпатории 1912 года постройки, размещается городской музей. Уже 20 июля 1921 года в протоколе заседания секции Охрис отмечалось, что музей может быть открыт для широкой публики, что и произошло через десять дней - 30 июля. Позже музей из «Искусства старины» был преобразован в Археолого-этнографический.

В 1925 году в музее действовало 5 отделов: этнографический, атеистический, археологический, курортный, производственных сил и производственных отношений, а сам музей был реорганизован в Музей Краеведения. В 1933 г. окончательно определился профиль музея как краеведческий, но при этом сохранялись живописный и этнографический отделы.

Значительный ущерб нанесла музею оккупация Евпатории в годы Великой Отечественной войны.

Всего через 15 дней после освобождения Евпатории 1 мая 1944 года, газета «Знамя победы» сообщала, что краеведческий музей возобновил свою деятельность. С середины 1940-х гг. экспозиция всех краеведческих музеев строилась по единой схеме – отдел естественной истории, отдел дореволюционного прошлого и отдел истории советского общества. Живописный и этнографический отделы после войны восстановлены не были.

Начавшаяся в 1979 году капитальная реконструкция здания значительно расширила фондовые и экспозиционные площади музея.

В 1988 году в специально построенном зале открывается диорама «Евпаторийский десант. 5 января 1942 года», созданная по заказу города Заслуженным художником РСФСР В.Б.Таутиевым, работавшим в Студии военных художников им.М.Грекова.

В 1989 году музей первым в Крыму открыл этнографическую экспозицию.

В 2000 г. на улице Дувановской напротив центрального входа в музей под стеклянным пирамидальным куполом был создан археологический комплекс «Северо-западный пригород античного города Керкинитиды
(V-ΙΙΙ вв. до н.э.)». Рядом с раскопом музей разместил под открытым небом лапидарную выставку.

В 2012 г. открыт музей истории Крымской войны, являющийся отделом военной истории краеведческого музея.